日本武尊が東国ご討征の時、お宮を建ててご住居になったことがあります。そして、尊が都へ帰られた後、白鳥大明神として祀ったということであり、その後、用明天皇が、橘豊日尊と呼ばれた､皇子の頃、この地に来られたことがあったので、その子の聖徳太子がこの地のゆかりをもって大高山神社に祀ったといいます。
このようなことで、日本武尊と用明天皇を祀る二祭神であります。
日本武尊が東国平定に向かわれたのは、紀元110年の景行天皇40年のこととされているので、その462年後の紀元572年に創建されたことになります。
また、それより30余年後の推古天皇の代において、聖徳太子が父君・用明天皇を大高山神社に合祀したことになっています。
明治42年(1909)8月8日､従来の『日本武尊』『用明天皇』二祭神のほか､堤に鎮座した愛宕神社の祭神迦具土尊(かぐつちのみこと)と､新寺に鎮座した山神社の祭神大山祇命(おおやまつみのみこと)とを合祀しています｡更に､大正3年(1914)に､新開の尾鷹から現在地に遷座する際､祭神倉稲魂命(うがのみたまのみこと)､火彦霊命(ほむすびのみこと)を合祀しています。